حرصا من المديرية العامة للدفاع المدني على تقديم وتنفيذ برامج الأكاديمية بأعلى المقاييس العالمية في هذا الإطار , فقد تم تأسيس هذه الأكاديمية بترخيص من مجلس التعليم العالي بقراره رقم (218 تاريخ 29/7/2007) ضمن إطار تعاون أكاديمي بين المديرية العامة للدفاع المدني , الجامعة الأردنية , جامعة البلقاء التطبيقية . وبناءً عليه فقد تم عقد اتفاقية تشاركيه بين الدفاع المدني , الجامعة الأردنية وجامعة البلقاء التطبيقية لمدة خمس سنوات تقدم من خلالها جامعة البلقاء التطبيقية الغطاء القانوني للأكاديمية بما يضمن التزامها بمعايير الاعتماد العام والخاص المتعلق بمؤسسات التعليم العالي في الأردن .
في حين يقوم الدفاع المدني بتحمل أعباء الإدارة التشغيلية للأكاديمية بما فيها رواتب الموظفين الإداريين وكافة النفقات والمصروفات التشغيلية اللازمة .
أما عن دور الجامعة الأردنية فيأتي في أطارأعداد البرامج الأكاديمية وتطويرها والإشراف عليها وتنفيذها بما تحمله هذهالجامعة من خبرة عريقة في مجال التعليم العالي. كما تقوم بالتدريس المباشر لطلبة الأكاديمية من خلالأعضاء الهيئة التدريسية المتخصصين. وبناء عليه تمنح الشهادات لخريجيهذه الأكاديمية من مجلس عمداء جامعة البلقاء التطبيقية وتحمل الشهاداتشعار الجامعة الأردنية وشعار جامعة البلقاء التطبيقية وشعار الأكاديمية وبتوقيع كل من رئيس الجامعة الأردنية ، ورئيس جامعة البلقاء التطبيقية،وعميد أكاديمية الأمير حسين بن عبدا لله الثاني للحماية المدنية.
وتطبيقاً لمفهوم التعاون الأكاديمي بين الدفاع المدني , الجامعة الأردنية ، جامعة البلقاء التطبيقية , وتنفيذاً للعلاقة التشاركيه بين هذه الأطراف الثلاث ,فقد تم تشكيل مجلسين تنفيذيين لإدارة الأكاديمية من الأطراف الثلاثة هما: مجلس أعلى للأكاديمية مناط به رسم السياسات العامة للأكاديمية والتنسيب لإصدار الخطط الدراسية اللازمة والتعليمات الخاصة المتعلقة بالدراسة في الأكاديمية بما في ذلك الرسوم الجامعية وشروط القبول والتسجيل وغيرهابرئاسة المدير العام للدفاع المدنـــي وضـم في عضويتـه
(9) تسعة أشخاص بمناصب رفيعة من الجامعة الأردنية وجامعة البلقاء التطبيقية والمديرية العامة للدفاع المدني وعضوين يختارهما المدير العام ورفعهالمجلس عمداء جامعة البلقاء التطبيقية ومجلس للأكاديمية برئاسة عميد أكاديمية الأمير حسين بن عبدالله الثاني للحماية المدنية وعضوية أساتذة من الكليات المعنية في كل من الجامعة الأردنية وجامعة البلقاء التطبيقية وضباط من المديرية العامة للدفاع المدني يمثل الذراعالتنفيذي للأكاديمية طبقا للقوانين والأنظمة المعمول بها في مؤسساتالتعليم العالي وطبقاً لاتفاقية التعاون الأكاديمي بين الأطراف الثلاثة.